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設計計算が正しいとすれば、施さなかったプレロードをすれば正常状態になるのかもしれません。
ちょっと分からないのはプレロードは下部工下面なのでしょうかね？
そうであればもう時すでに遅しですけどね。

今更、難しいのかも知れませんが、フーチングを広げれば沈下抑制にはなると思います。

しかし、全体的に考えると上部工の死荷重が圧倒的に大きいなかで、プレロードするしないで持つ持たないの分かれ目になるということは、かなりリスキーで設計計算自体に無理があると感じます。もしくは現在行っている照査に数値の取り違えがある感じもしますので確認が必要と思います。

それを踏まえたうえでシンプルに考えると、下部工まで出来上がっている現段階で、死荷重に耐えられぬ反力しか得られぬ状況ならば、上部構造体の変更しか手だてはないような気がします。
コンクリート上部なら鋼橋にすることで２割程度は死荷重低減出来ると思います。
でも、比較的軽量の上部工で設計されているんだろうなと推測できますから、アドバイスにならないですよね。